Les nématodes du sol possèdent des qualités multiples (abondance, diversité taxonomique et fonctionnelle, existence d'indices liés à l'état du sol) qui en font des indicateurs pertinents du fonctionnement du sol. Ils intègrent un grand nombre d'informations sur l'état de la micro-chaîne trophique du sol (compartiment microbien, microfaune et mésofaune) qui est responsable de la décomposition et de la minéralisation des nutriments. La nématofaune a été analysée dans un essai comparant le semis direct avec restitution des résidus de récolte, au labour avec exportation des résidus de récolte dans une rotation soja/riz sur les hautes terres de Madagascar. Les résultats obtenus durant les deux années d'étude (année en soja & année en riz) ne sont pas significativement différents pour une grande majorité de paramètres nématologiques ce qui signifie qu'à moyen terme de cette expérience (essai mis en place depuis 10 ans), les différences interannuelles liées à la culture sont très inférieures aux différences liées au travail du sol et à la fertilisation. L'absence de travail du sol simultané à la restitution des résidus de récolte, ainsi que la fertilisation minérale et organique, induit une augmentation de l'abondance de la nématofaune tellurique. L'analyse de la composition de la nématofaune indique que les densités de nématodes phytophages d'une part et de nématodes omnivores et prédateurs d'autre part, sont significativement augmentées dans les systèmes en semis direct, alors que les fertilisations organiques et minérales induisent une augmentation de la plupart des groupes trophiques incluant également les microbivores (bactérivores et fongivores). L'analyse des indices nématofauniques montre que le travail du sol ainsi que l'absence de fertilisation sont aussi responsables de la simplification qualitative de la micro-chaîne trophique du sol. Les systèmes en semis direct présentent une nématofaune plus complexe et moins opportuniste incluant des taxons sensibles aux perturbations contrairement au système labouré.