Taxonomie intégrative de la tribu des Rattini (Rodentia, Muridae) en Asie du Sud-Est

Résumé : L’ Asie du Sud-Est est un point chaud de la biodiversité et, dans le même temps, cette région est un foyer actif d’émergence ou de réémergence de zoonoses (SRAS, grippes aviaires, leptospirose, roboviroses etc..). Le développement économique sans précédent et la croissance démographique humaine que connait la zone biogéographique indochinoise sont un moteur de changements considérables des écosystèmes. Dans le contexte du changement global, il est primordial de comprendre comment ces modifications environnementales modifient les interactions entre les communautés d’hôtes et leurs communautés de parasites/pathogènes afin d’appréhender les transformations du paysage épidémiologique. Certaines espèces, qui sont des réservoirs de zoonoses constituent, de par leur mode de vie et leur statut de gibier des modèles particulièrement intéressants à étudier dans ce cadre. C’est le cas, pour la zone étudiée, des rongeurs et plus particulièrement des représentants de deux tribus de la sous-famille des Murinae : les Rattini et les Murini. La première partie de ce mémoire porte sur ces deux tribus, particulièrement diversifiés en Asie du Sud-Est. L’objectif a été d’étudier la faisabilité d’un outil d’identification web-service innovant basé sur la morphométrie. Cet outil viendra compléter des réalisations qui lui sont antérieures à savoir : un guide d’identification de terrain et un premier outil web-service basé sur l’identification moléculaire. Ces productions formeront un ensemble cohérent d’outils d’identification permettant d’offrir à la communauté des personnes désireuses d’étudier les rongeurs de la zone des accès multiples et adaptés à une identification de qualité. Pour la réalisation de cet outil d’identification morphométrique, nous avons tout d’abord étudié quels sont les facteurs intra et inter-spécifiques qui influencent la variation morphologique des espèces de rongeurs. Cette étude, au travers d’une approche de systématique intégrative a ainsi contribué à la stabilisation de la taxonomie des Rattini. L’étude morphométrique est entièrement basée sur un jeu de données de six cent soixante individus qui appartiennent à dix-sept espèces. L’ensemble des individus a fait au préalable l’objet d’une identification moléculaire réalisée à l’aide d’un gène mitochondrial. Dans le cadre de la création du web-service morphométrique, les sources d’erreurs relatives à la comparaison de jeux de données produits par des opérateurs différents sont identifiées et encadrées car elles pourraient compromettre l’identification des individus. Des seuils d’assignation sont également définis pour permettre à l’outil de gérer la confrontation avec des espèces qui ne sont pas représentées dans le jeu de données de référence. Dans un second temps nous avons souhaité replacer la disparité morphologique observée chez les espèces actuelles dans un contexte évolutif. L’objectif était de comprendre les patrons macro-évolutifs qui ont potentiellement gouverné la mise en place de la variation morphologique et ainsi d’évaluer le rôle de l’environnement sur celle-ci.
Type de document :
Mémoire d'étudiant
Zoologie des vertébrés. 2014
Liste complète des métadonnées

https://hal-ephe.archives-ouvertes.fr/hal-01491395
Contributeur : Yannick Chaval <>
Soumis le : jeudi 16 mars 2017 - 17:20:02
Dernière modification le : mardi 10 octobre 2017 - 10:29:33
Document(s) archivé(s) le : samedi 17 juin 2017 - 15:10:26
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